scNPF R软件包 网络传播和网络融合辅助的整合框架,用于单细胞RNA-seq数据的预处理 关于 scNPF是一个R软件包,用于通过利用给定数据中固有的上下文特定拓扑和先验基因-基因相互作用网络的网络信息来预处理单细胞RNA-seq数据。 基本的scNPF框架由两个模块(图1)组成,包括用于插补缺失的scNPF传播和用于融合多个平滑表达矩阵以学习细胞-细胞相似性矩阵的scNPF-fusion。 scNPF框架具有高度集成性和灵活性,因为两个模块是独立但相互联系的。 scNPF传播涉及一个基于网络的传播过程,该过程基于给定的基因-基因相互作用网络上的具有重新启动的随机游走(RWR),以获得每个节点(基因)的分布,从而捕获其与网络中所有其他基因的相关性。 该过程考虑了相互作用网络的全局连通性模式,以分析每个基因的拓扑背景。 更重要的是,该模块包含两种传播模式,包括使用公开可用的交互网络的先验