处理元基因组测序读 测序过程后用于宏基因组读取的组装,注释和分类分类的管道。 指数 质量控制使用fastqc ,适配器调整使用cutadapt 。 使用MEGAHIT组装读数。 使用PROKKA进行基因预测和注释。 使用DIAMOND和eggNOG数据库的附加功能注释。 宏基因组读段的分类学分类。 初始文件 基本上,我们将从测序过程产生的最终读取文件开始。 我们将假设来自配对分析的每个元基因组都有两个文件: R1.fastq.gz R2.fastq.gz 依存关系 FastQC v0.11.8 cutadapt v2.3 MEGAHIT v1.1.3 宝卡v1.14.5 钻石v0.9.22.123 eggNOG-mapper v2和eggNOG数据库v5.0 KRAKEN2 v2.0.8 MaxBin v2.2.6 第1步:质量控制和修整 为了进行质量控制,我们将