甲基化组的顺式mQTL映射协议 源码

胎盘甲基化的Cis-mQTL映射协议 在此GitHub存储库中,您将找到由巴斯克地区大学(UPV / EHU)的免疫遗传学研究实验室(IRLab)精心设计的协议,该协议可使用命令行程序FastQTL映射胎盘顺式mQTL。 一方面,自述文件中提供了所有使用的命令和脚本,但请注意,您需要自定义其中一些命令,主要是从RStudio而不是从命令行执行的Rscripts。 另外,在管道中,我们将为输出创建新目录,但是您应该始终从它们外部进行工作! 看看的。 另一方面,在Wiki中,您将找到每个步骤的详细说明。 要完成管道,您需要安装: , 和 , 和 。 如果您已经通过密歇根服务器执行了基因型插补,并已通过Alexandra Binder的R包对甲基化组进行了预处理,则可以跳至步骤2.2。 步骤1.基因型数据质量控制 步骤1.1。 基因型数据的质量控制 为bfiles创建一个目录:\ mkd