CRISPR屏幕生物信息流水线 该生物信息学管道将自动执行来自CRISPR-Cas9筛选实验的NGS数据分析。 它使用MAGeCK进行统计分析。 软件依赖项: Python 3 大熊猫 脾气暴躁的 Matplotlib 海生 [R 快速质量控制 多质量控制 领结2 Cutadapt Pigz(如果未安装,将使用gunzip,但速度会较慢) 麦格克 说明: 从命令行安装: git clone https://github.com/niekwit/CRISPR-tools.git 为包含子文件夹raw-data的分析创建一个主文件夹(可以是任何名称),该子文件夹包含fastq.gz文件。 导航至命令行中的分析文件夹,然后键入: path/to/crispr-pipeline.sh [ -l ] [ -n O