尼古丁 SNiPgenie是用于从原始读取数据进行微生物变异调用和系统发育分析的工具。 它最初被编写为与牛分枝杆菌的细菌分离物一起使用,但可以应用于其他物种。 您需要高质量的参考基因组来进行比对。 鼓励对使用该软件感兴趣的任何人提出有关改进或添加功能的建议。 该软件是用Python编写的。 它是在Ubuntu linux上开发的,但设计为也可以在具有独立应用程序的Windows 10上运行。 GUI是使用PtSide2使用Qt工具包制作的。 当前功能 加载多个fastq文件并一起处理 查看fastq质量统计 修剪读取 对齐参考 查看bam路线 呼叫变体 过滤器变体 创建SNP核心多序列比对 创建系统树 安装 Windows用户注意:带有独立安装程序的GUI不久将可用。 pip install -e git+https://github.com/dmnfarrell/snipgenie