Janggu-基因组学的深度学习 Janggu是一个Python软件包,可促进在基因组学方面的深度学习。 该软件包可根据GPL-3.0许可免费获得。 特别是,该软件包可轻松访问典型的Genomics数据格式和开箱即用的评估(特别是针对keras模型),因此您可以集中精力设计神经网络体系结构,以快速测试生物学假设。 提供全面的文档。 长谷的标志: Janggu提供了特殊的Genomics数据集,使您可以访问FASTA,BAM,BIGWIG,BED和GFF文件格式的原始数据。 支持各种规范化程序来处理基因组数据集,包括“ TPM”,“ zscore”或自定义规范化器。 可以用更高阶的序列特征来表示生物学特征,例如基于二核苷酸的特征。 数据集对象可直接与神经网络一起使用,例如使用或(请参见此存储库中的src / examples)。 keras模型的Numpy格式输出可以转换为代表