FFPEsig:FFPEsig手稿的代码和数据 源码
聚四氟乙烯 FFPEsig使用FFPE签名作为噪声配置文件来校正从给定FFPE WGS样本中观察到的突变计数。 要运行FFPEsig,请执行以下操作: 下载 安装和所需的软件包,包括pandas,numpy,matplotlib,seaborn。 运行命令行: python FFPEsig.py [--input|-i] [--sample|-s] [--label|-l] [--output_dir|-o] 例子 python FFPEsig.py --input ./Data/simulated_PCAWG_FFPE_unrepaired.csv --sample ColoRect-AdenoCA::SP21528
文件列表
FFPEsig-main.zip
(预估有个57文件)
FFPEsig-main
FFPEsig.py
17KB
setup.py
15KB
README.md
2KB
Data
study1_gene_seq.fa
65KB
WGS_PCAWG.96.csv
859KB
SBS_signatures.csv
56KB
study1_BlockageGroup_mutCounts.csv
5KB
study2_gene_seq.fa
2.42MB
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