用于生成FEP计算输入文件的BioSimSpace协议和脚本。 用于自由能量计算的文件设置 01)蛋白质设置: 与AMBER一起使用: 给定pdb格式的蛋白质的四个片段,我们将使用BioSimSpace的脚本通过ff14SB琥珀色力场对它们进行参数化。 安装BioSimSpace( ),从现在开始使用BioSimSpace python(〜/ biosimspace.app / bin / ipython)运行以下命令: 为每个蛋白质片段生成AMBER参数化的.rst7和.prm7文件: run ./parameterise.py --input FILE.pdb --forcefield ff14SB --output FILE 合并蛋白质片段以获取完整蛋白质: run ./combine.py --system1 FILE_1.prm7 FILE_1.rst7 --syst