pmm_v1:COVID 19中的后孟德尔遗传模型 源码
COVID-19中的后孟德尔遗传模型 boolean_features.py:从带有VEP注释的变体生成布尔表示形式 pipeline_post_mendelian.py:使用LASSO正则化通过逻辑回归提取特征 要计算调整后的表型,需要使用以下格式的CSV文件: 名为样品的一列具有样品的唯一ID 一列以年龄为单位的年龄 一栏名为性别,性别编码为0/1,女性为1 名为grading的一列编码为: 0 =未住院 1 =在没有呼吸支持的情况下住院 2 =住院补充氧气 3 =接受CPAP-biPAP住院 4 =插管住院仅应包括PCR阳性的个体。 布尔表示 对于所有分析,仅保留在Ensemble中被分类为具有高或中等影响的变量,即:'transcript_ablation','splice_acceptor_variant','splice_donor_variant','stop_gai
文件列表
pmm_v1-main.zip
(预估有个5文件)
pmm_v1-main
boolean_features.py
10KB
ensemblid_names.csv
18.41MB
pipeline_post_mendelian.py
10KB
README.md
3KB
list_genes_chrX.csv
11KB
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