银河系 MetaDEGalaxy是运行在Galaxy平台上的宏基因组分析工具。 有许多用R和python编写的脚本组成了执行16S rRNA分析的Galaxy工作流程。 greengenes数据库在MetaDEGalaxy中用作参考数据库。 参考 Mike WC Thang, , ,Dominique Gorse,Matthew A Field,2019年 :用于16S元基因组数据差异丰度分析的Galaxy工作流程。 工具 -配对末端reAd mergeR 它是USEARCH工具的替代品 脚本依赖项: Biopython(v 1.74) python> = 3 Bioconductor-phyloseq(v 1.22.3) r-base(v 3.4.1) r-getopt(v 1.20.0) ghostscript(v 9.18) bioconductor-deseq2