细胞游侠包装 所有信息都进入配置文件(YAML格式)。 有一个示例(config.yaml),其中包含有关文件格式的注释。 有两个主要的R脚本: demultiplexing_cells.R,集合和运行细胞游侠例程计数和VDJ在“fastqs_dir”各样品(和为“样品”中表示)。 Aggregate.R ,根据“ aggregation”。 您需要准备的文件是: 样本表(YAML文件中的“样本”)。 如果样本名称一致,可以避免使用,您可以使用它们从mkfastq / bcl2fastq输出中选择它们。 在这种情况下,您只能指定例如CD4,这将处理名称中带有“ CD4”的所有样本。 否则,您可以提供整个Illumina实验管理器(IEM)样本表。 功能参考[如果您具有功能条形码数据](YAML文件中的“ feature_ref”)。 您可以为每个样本提供一张工作表,或添加带有模