此文件夹包含HPC NYU Langone Bigpurple(SLURM)的Shell和R脚本 项目:ECHO_EWAS甲基化数据 此处的脚本适用于目标亚硫酸氢盐测序(Methyl-Seq),这是下一代测序技术,用于通过在测序之前用亚硫酸氢钠处理DNA来提供甲基化C的单碱基拆分状态。 分析工作流程 质量控制分析:FASTQC 比对:DRAGEN甲基化管道3.2.8执行比对,甲基调用,并基于BisMark计算比对和甲基化指标 注释和差异甲基化分析:MethylKit(hg38)(请参阅Methylkit.r) 鉴定差异甲基化的基因座/区域(请参阅Methylkit.r)