对树 Pairtree使用基因组突变数据推断癌症的系统发育。 Pairtree特别适用于每种癌症的多个组织样本的设置,提供了每个样本的单独克隆频率估计,这些样本限制了一致的系统发育集。 在{插入纸张链接}中描述了Pairtree算法。 该算法包括两个阶段: 计算所有突变(或突变簇)的成对关系张量。 这提供了每对突变A和B之间四种可能的进化关系中的每A的概率。 使用成对关系张量来采样可能的系统发育,为每个系统分配一个可能性。 在对每个系统发育进行采样时,Pairtree会计算树中每个突变(或突变簇)的亚克隆频率,从而在保持树约束的同时,平衡了拟合观察到的突变数据的需求。 该算法在(Wintersinger等人(2021年))。 安装Pairtree 安装依赖项。 如果使用 ,则安装通常最容易,它包含最难安装的依赖项。 也运作良好。 您需要以下内容: 3.6或更高版本(包含在Ana