有关炼金动力学的问题 在该存储库中,我报告了两种简单的问题,可通过GROMACS在6个化学状态将氩从水中化学脱除的简单问题来计算自由能表面和化学上的React动力学的相应不确定性。 对于每种方法,我都有一个或两个有关不确定性评估的问题,正如Jupyter笔记本( Method_1.ipynb和Method_2.ipynb )在Method_1和Method_2文件夹中Method_1 Method_2 。 1.目录结构 在文件夹Method_1 ,我实现了PLUMED大师课程21-2(练习9)中讲授的一种方法。 在文件夹Method_2 ,我在纸中使用的第二种方法来计算的自由能的表面的不确定性,从等式10。 在文件夹input_files ,我存储了5ns一维炼金术元动力学的模拟输出(包括COLVAR和HILLS_LAMBDA ),这是我们在Method_1和Method_2进行数据分