funnel_potential NAMD使用tclForces接口实现漏斗电位。 这是基于Limongelli等人所做的工作。 Limongelli,V.,Bonomi,M.和Parrinello,M.(2013)。 漏斗动力学作为精确的结合自由能方法。 美国国家科学院院刊,110(16),6358-6363。 我编写了代码,以便用户指定端点A和B,以便可以将漏斗放置在三个直角坐标轴以外的任意轴上。 主要功能写在文件funnel_potential.tcl ,需要在主要NAMD配置文件中提供。 例如, namd_config_funnel.tcl包含控制漏斗长度,宽度等的用户所需的变量。 为了帮助确定终点,可以在VMD中使用draw_funnel.tcl绘制一个透明漏斗,该漏斗使用function_xyz_general.tcl作为其主要功能。 一旦配置了漏斗电位,就可以使用