CRISPR_癌症_染色质_状态_活动 使用CRISPR评估癌细胞系的染色质状态活性 作者:蒂莫西·费希尔 PI:Jason Ernst博士 导师:Tevfik Umut Dincer,Shan Sabri 合作者:Heather Han 抽象的 基于CRISPR-Cas9的表观遗传调控元件筛选(CERES)是一种在原始基因组范围内测量调控元件活性的检测方法; 与异位记者检测(如大规模平行记者检测(MPRA))相反,后者可以捕获原始基因组背景之外的激活和抑制。 CERES利用Cas9酶和一段称为向导RNA的RNA来对基因组进行靶向修饰并量化其作用。 MPRA和CERES均能定量读出顺式调节元件的某些功能活性,但它们在染色质状态注释方面的相关性仍不清楚。 我们使用来自25状态扩展ChromHMM模型的染色质状态注释来量化CERES分析的区域对每种染色质状态的活性。 我们假设,如果存在相同M