比较跨物种的实验之间的细胞分组 在单细胞表达图谱中,我们有趣的是将实验之间以及跨物种边界的细胞分组(簇,细胞类型)相关联,这可以通过每个组的“标记”基因来完成。 由于每组标记基因都是其衍生背景的产物(分类的细胞群体,亚组织,组织,整个生物体),因此必须匹配该背景以比较标记基因集(通过直系同源关系)。有效的。 考虑到这一点,此工作流程将: 从SCXA分析中获取andata对象,进行两个包含可比较的“有机”部分的实验,即使它们没有以相同的粒度进行标记。 在实验之间匹配生物部分,使用Uberon本体在生物部分注释的粒度不一致的地方重新标记。 仅将实验分为普通生物部分。 使用Scanpy重新过滤,重新标准化和重新衍生标记基因。 在两个实验之间派生映射的成对的细胞分组。 Snakemake工作流程 给定以下输入,此存储库中的Snakemake工作流程将执行上述步骤: 两个扩展名为.pro