FM_Intern_Wrap 源码

FM_Intern_Wrap 语言和包装 所需软件 Trimmomatic- 软件安装 管道脚本布局 hyb_wrap.py 这是包装脚本,旨在接受用户输入并指导管道使用氨基酸靶标或核苷酸靶标。 脚本输入: --target_enrichment_data如果目标富集测序方法 --whole_genome_data如果数据是整个基因组输入数据 --assembly_data如果数据是SPAdes程序集还是非SPAdes程序集 getNameList.py getNameList.py将样本名称列表写入文本文件namelist.txt。 然后,该文本文件将用于氨基酸和核苷酸HybPiper脚本中。 参考 约翰逊(MG),加德纳(Gardner),新兴市场(EM),刘洋(Y.),麦地那(R.),戈菲内特(G. HybPiper:使用目标富集从高通量测序读物中提取系统发生学的编码序列和内