平原 | 更容易开发聚合物结构预测工具 用于蛋白质结构预测的现代神经网络方法的开发和调试可能会有些复杂。 在这里,我们提供了一个框架Flatland,用于模拟当前最先进系统使用的形式的训练数据集。 所执行的中心任务是进化一组聚合物序列,预测其折叠结构,生成距离矩阵和键角张量,并计算全聚合物化合物或其他聚合物相互作用可能性的光谱(模拟蛋白质-蛋白质和化合物-蛋白质相互作用数据集) )。 该框架有意以高度简化的方式执行此类模拟,无法准确地模拟真实的生物过程。 相关地,它提供了将问题简化到任意程度的方法-包括允许将尺寸从3维减少到2维,将氨基酸字母从21维减少到3维,以及简化进化优化的特性。 我们