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gromacs,md,sd,art,berendesn
Gromacs是分子模拟的流行工具,这里提供了一个在水中溶菌酶的实例。
并行环境实现GROMACS LAM/MPI并行环境 LAM/MPI是一个高性能、免费、开源的MPI标准的实现。它支持MPI-1标准和部分 MPI-2标准。LAM/MPI不仅是实现MPI API的一个库
linux shell脚本列子,适合初学gromac 等分子动力学模拟软件
文件为Gromacs v3和v4版本的一些命令行执行例子,具体包含溶剂化中添加水分子,添加离子,box定义,v3和v4版本的一些比较。
关于gromacs教程的中文版,GROMACS教程:蜘蛛毒素肽的研究
权威的GROMACS用户手册 GROMACS Groningen Machine for Chemical Simulations USER MANUAL Version 4.5
Gromacs教程-水中的溶菌酶,讲述如何使用GROMACS模拟蛋白质与水的作用。
由top文件、mdp文件、gro文件所生成,用于gromacs软件性能测试时所使用。体系为水分子体系,步长为100000.
gromacs利用icc以及gcc安装详解
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