HIPA CLI:用于检测高强度细胞的高强度峰分析 源码

高强度峰分析(HIPA)工具 概括 该工具可以更快地分析在FIJI中预处理的连续记录(荧光)强度数据。该工具读取FIJI生成的.txt文件。导入数据后,该工具将基于最大强度执行数据归一化,根据用户设置的阈值计算高强度事件的数量,并在一组数据内执行信号比较。分析之后,该工具将生成以下输出文件,然后可以将其输出到任何数据处理软件中以进行进一步分析,例如绘图等: 标准化数据 基于用户设置的每分钟阈值的高强度事件计数 高强度事件的平均值,基于用户设置的每分钟阈值和单元格 比较用户定义的时间间隔以及每个时间间隔和基线之间的强度值(该工具将检查与基线和/或先前时间间隔相比显示更高强度值的激活的细胞,也就是细胞)。 到目前为止,该工具已经通过FIJI提供的文本文件进行了测试。 sampleData文件夹中提供了示例数据。如果文本文件的结构与sampleData中的文件相同,则您的数据可能会起作用重要提示