介绍 nfcore / viralrecon是一种生物信息学分析管道,用于执行组装和宿主内/低频变异检测病毒样品。 该管道支持散弹枪(例如,直接从临床样品直接测序)和基于富集的文库制备方法(例如,基于扩增子的;或基于探针捕获)的短读Illumina测序数据。 该管道是使用构建的, 是一种工作流工具,可以以非常便携的方式跨多个计算基础架构运行任务。 它带有Docker容器,使安装变得简单,结果可高度重现。 此外,使用AWS云在完整数据集上运行管道的自动化连续集成测试可确保代​​码稳定。 管道摘要 通过SRA,ENA或GEO ID下载示例( , ;如果需要) 合并重新排序的FastQ文件(