HiC_MCMC 使用Hi-C数据进行重叠群的定位 项目目的: 现有的使用Hi-C数据的脚手架算法可以很好地找到重叠群的顺序。但是,此内部版本在方向上包含足够数量的错误。我们应用概率模型来解决此问题。 用法: I.使用函数get_contigs_and_pairs加载数据 二。估计读段之间距离的密度 三,运行MSMS算法 (请参阅HiC_MCMC / main) 依存关系: Python 3.7 可以使用pip安装Python依赖项: pip install -r requirements.txt 输入数据: 数据必须包含有关HiC读入的信息以遵循格式 Pairs.txt | * |重叠群的名称,其中包含阅读的第一部分|在重叠群中定位第一个阅读片段|重叠群的名称,其中包含第二个读段|在重叠群中定位第二个阅读片段| * | * | len.tsv |重叠群的名称|他的长度|