omega_analysis 我们将研究果蝇系统发育中多个基因的滑动窗口的dN / dS比。 我们将使用codeml从,以便做到这一点。 CPR本地路径: /Users/rele.c/Downloads/omega_analysis 添加文件 在model_data ,使用您的基因名称创建一个目录,确保它是唯一的。 在您的基因中建立以下子目录: ctl_files :空,运行需要 images :包含图片的TIFF raw_data :包含模型的原始数据。 每个文件的raw_data将包含两个文件,一个是的MSA aln ,另一个是nwk的树的子集。 请将您的aln文件命名为: .msa.aln 。在文件中,请确保从标头中删除基因名称和转录本。唯一的名称应该是程序集的名称。 请将您的nwk文件命名为: .nwk 。我们可能必须更改nwk的格