ssGSEAGEM 介绍 ssGSEAGEM引入了一个新的概念框架,用于将转录数据整合到基因组规模的代谢模型中,以准确预测模型的代谢表型。 (例如酿酒酵母)。 该框架可以准确地预测代谢表型并胜过准确性。 我们认为,该框架几乎可以用于所有数据集成算法,并可以增强其预测能力。 用法 步骤1:首先准备常规基因表达数据,然后使用GPR关联将基因表达水平转换为React水平(脚本:Matlab / datasets / GIMME)。 步骤2:使用第一步数据和GEM模型的基因集(脚本:Matlab / ssGSEA / geneset),准备基因组的ssGSEA分数(脚本:R脚本)。 步骤3:使用第一步数据和gssGSEA分数,准备基因组的ssGSEA-GIMME分数,并使用GPR关联将基因表达水平转换为React水平(脚本:Matlab / datasets / ssGSEA)。 步骤4:通过集成