该存储库包含用于分析,处理和建模长尾猕猴中的α珠蛋白的脚本。代码与手稿“长尾猕猴中的α珠蛋白变化表明疟疾选择”相关联 手稿分为三个主要部分,每个部分与代码相关联: 长尾猕猴alpha globin的地理表型变异的分析metaly_models.py:通过疟疾选择过程对变异的层次模型进行建模的脚本(Python 2.7)mal_variant_hierarchical_model_results.R:可视化贝叶斯模型的结果map_figures.R:可视化东南亚的alpha球蛋白表型primate_phylogeny.R:可视化猕猴系统发生的AQ变体 序列的遗传分析processing_fastq_dada2.R:处理猕猴属α球蛋白Illumina读取summarizing_ngs_data.R:清洗猕猴属α球蛋白读取sequence_viz.R:可视化清洗并处理过的Illumina读取M