ST131Typer:用于键入大肠杆菌ST131的In silico PCR命令行工具 源码

ST131Typer 用于键入大肠杆菌ST131的In silico PCR命令行工具 描述 ST131Typer是一个简单的Bash shell脚本,它利用函数来检测大肠杆菌序列类型(ST)131,并从全基因组序列(WGS)装配中表征其关键的亚克隆。 该工具是开发的体外多重PCR分析的计算机版本 。 该测定法可解析ST131中的15个不同分子子集,包括ST131进化枝A(或H 41子克隆)中的3个,进化枝B(或H 22子克隆)中的5个和进化枝C(或H 30子克隆)中的7个。 ,包括亚克隆C0(或H 30S:2个子集),C1和C1-M27(或H 30R1:2个子集)和C2(或H 30Rx:3个子集)。 具体来说,该工具使用引物序列靶向mdh36 , gyrB47 , trpA72 , sbmA , plsB , nupC , rmuC , kefC , ybbW ,O16和O25b