许多软件包可用于在系统树上以连续时间马尔可夫过程生成DNA MSA。 另一方面,不存在直接从过渡矩阵模拟DNA MSA的方法。 此外,现有软件仅限于时间可逆模型,并且尚未进行优化以生成非均匀数据(即在不同谱系中放置不同的替代率)。 GenNon-H是第一个设计用于在系统树上的离散时间马尔可夫过程下生成多个序列比对的软件包,该序列直接从过渡矩阵采样。 基于输入模型和Newick格式的系统发育树(测得的分支长度为每个位点的预期取代数),该算法可生成所需长度的DNA比对。 GenNon-H是一个协作项目,描述于http://genome.crg.es/cgi-bin/phylo_mod_sel/AlgGenNonH.pl。