parallel fastq dump:并行fastq dump包装器 源码
并行fastq转储 并行fastq-dump包装器 为什么和如何 即使您已经拥有更快的资源(网络,IO,CPU),即使您已经下载了sra文件,NCBI fastq-dump有时也会非常慢。 该工具通过将工作划分为多个线程来加快过程。 这是可能的,因为fastq-dump具有选项( -N和-X )来查询fastq-dump文件的特定范围,此工具的工作方式是将工作划分为请求的线程数,并行运行多个fastq-dump并连接结果返回一起,就好像您刚刚执行了普通的fastq-dump调用一样。 提示 使用fastq-dump下载很慢,即使有多个线程,也建议在使用fastq-dump之前使用prefetch来下载目标fastq-dump文件,这样fastq-dump将只需要进行转储。 所有其他参数将直接传递给fastq-dump ,-- --gzip ,-- --split-files和过滤器按预
文件列表
parallel-fastq-dump-master.zip
(预估有个5文件)
parallel-fastq-dump-master
.gitignore
16B
README.rst
2KB
LICENSE
1KB
parallel-fastq-dump
6KB
setup.py
756B
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