功能 用于不同组学分析的R自定义函数。 Rfunctions.R 通过执行此存储库中存在的其他R脚本的源代码来加载所有功能的脚本。 它在here使用R包(如果没有的话)。 根据here工作所在的当前目录,可能必须更改路径。 chromReads.R chromReads() 提取bam文件并计算每个染色体中对齐的读数,然后绘制条形图。 请注意,此功能不会计算或绘制与奇怪(即未知或随机)染色体对齐的读数。 使用的软件包: Rsamtools ggplot2 dplyr pcaplot2.R pcaplot2() 它是R包pcaExplorer中的功能pcaplot的修改,允许更改点的形状。 它采用经过rlog转换的DEseq2数据帧作为输入。 使用的软件包: ggplot2 pieAnno2.R 它包括两个功能: filterAnno2() 从ChIPseeker