生物芯片扫描仪在进行高速高分辨率扫描时对实时性要求很高,用一般微控制器难以实现.在介绍生物芯片扫描仪工作原理的基础上,提出了一种基于FPGA控制的生物芯片数据采集系统的设计方法,使生物芯片扫描仪在5μm分辨率下扫描速度达到20线/s.