PHYLIP是由Joseph Felsenstein开发的多平台操作系统常用系统发生推论软件（Phylogeny Inference Package），具有DNA和蛋白序列分析、限制性酶切位点分析、距离矩阵和基因频率、进化树绘制，可以通过许多选项精确控制分析过程。