想要在PyCharm中运行《企业编码生成系统》需要先下载企业编码管理的程序-Python源码-可执行程序-论文.zip，并且将其解压缩。运行程序后即可进入系统主界面，该界面提供了不同的功能菜单供用户选择操作。需要注意的是，在运行Python程序时可能无法获得与书中介绍的彩色输出结果相同的效果，但这不会影响程序的功能。想要深入学习企业编码管理，可以阅读相关论文进行深入理解。