针对动车所车辆调度中存车和列位占用等问题，建议采用灵活存车方式和车辆调度优化算法，提高车辆调度效率和节省存车空间。具体方案包括：1.根据车辆实际需求进行灵活存车，避免满足不必要的存车需求；2.优化车辆调度算法，减少车辆占用列位时间，缩短作业时间和提高车辆周转率。此外，建议动车所根据实际情况制定灵活的车辆调度计划，加强与其他车站的协作，优化调度流程。