Chip-seq是一种用于研究染色质上蛋白质结合区域的高通量测序技术，由于其高效准确，已成为分子生物学研究中不可或缺的工具之一。本文将介绍生物信息学中Chip-seq数据分析的基本流程，包括数据质控、比对、寻找差异峰等主要步骤。同时，也将针对如何处理数据中的峰形状、调查峰所对应的功能元件等高级问题作简要讨论，旨在使读者了解Chip-seq数据分析的相关实践。