本文介绍如何利用Solexa测序的转录组数据进行基础颌类脊椎动物的系统发育学研究，从分析数据质量和预处理开始，到基础颌类脊椎动物的系统分类，详细讨论了分析过程和结果。通过结合不同的基因组数据和系统学分析方法，获得了更高的系统发育分辨率和更丰富的基础颌类脊椎动物系统发育学信息。