软件公司作为高科技行业的一员，其员工薪酬制度的设计需要更加科学合理，以满足行业特点和员工需求。设计薪酬结构时，首先要考虑到公司的战略目标和价值观，确保薪酬制度与公司的长期发展方向一致。

在制定薪酬水平时，应该根据员工的技能、经验和贡献程度进行区分。不同技能和不同层级的员工在公司中发挥着不同的作用，因此薪酬水平应该有所差异，以激励员工提升自身能力，为公司创造更大的价值。

另外，薪酬结构还应该考虑到绩效奖金和福利待遇。通过设立绩效奖金，可以激发员工的工作动力，促使他们在工作中追求卓越。福利待遇方面，软件公司可以考虑提供灵活的工作时间和培训机会，提高员工的满意度和忠诚度。

值得注意的是，软件公司的薪酬结构还需要具备一定的透明度，确保员工对薪酬制度的了解和信任。透明度能够降低内部的不满和矛盾，有利于公司的和谐发展。