利用MATLAB绘制三元相图解析微生物群落结构
三元相图,主要应用于展示三个变量之间的比例关系。例如在微生物研究中,可用于展示不同微环境中细菌OTUs的相对丰度分布。
实例解析:
以植物根系微生物群落为例,构建一个三元相图,三个顶点分别代表土壤、根际土壤和植物根组织内三种微环境。图中每个点代表一个OTU,点的位置由其在三种微环境中的相对丰度决定,点的大小则表示该OTU的总相对丰度。
通过统计检验,可确定每个OTU显著富集的微环境,并用不同颜色标注:
* 土壤富集:黑色
* 根际区富集:红色
* 根内富集:绿色
数据准备:
使用OTU在三种环境中的丰度数据,并进行统计检验以确定其富集环境。
MATLAB绘制:
利用MATLAB的绘图工具,根据数据绘制三元相图,并根据富集环境信息进行颜色标注。
通过三元相图,可以直观地展现微生物群落在不同微环境中的分布特征,为进一步分析群落结构和功能提供重要信息。
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