RNAcentralTools这个存储库包含许多我发现在分析小RNA和piRNA时特别有用的工具。这些脚本的主要目标如下:过滤在给定物种中表达的RNA,去除低质量的RNA,将几乎相同的物种分组为簇,用可能的物种类型注释集群,提供SAM/BAM形式的流式对齐机制,并且:给定读取长度,将对齐组分配给最可能的目标,计算对齐到单个给定集群的次数。
RNAcentralTools:一组用于在smallRNAseq分析中使用RNAcentral的工具
文件列表
RNAcentralTools-master.zip
(预估有个13文件)
RNAcentralTools-master
CreateFiles.c
9KB
filter.sh
190B
clustered2mapping.py
550B
extract_piRNAs.py
569B
filter_ambiguous.py
507B
shortReads2BAMandCounts.c
15KB
mergeAndAnnotateClusters.py
7KB
README.md
662B
extract_piRNA.py
297B
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