你好，有兴趣将系统发育的连续性状进化建模为Lévy过程吗？此git存储库包含我们在系统生物学中描述的方法的最新源代码。我们整理了本指南以回答迄今为止收到的问题。欢迎向我们发送有关方法或模型的问题的电子邮件：mlandis (at) berkeley (dot) edu。

更新内容：

  • 生成与TreeFig兼容的.jump_snr.txt输出文件，以显示哪些分支具有强烈的跳跃信号。

  • SNR现在通过分支长度的平方根反比来缩放，而不仅仅是分支长度。

  • 改进了跳跃正常(modelType=3)性能。

安装：

从命令行，导航到src文件夹。在编译之前，请确认您已安装GNU科学库(GSL)。对于Mac OS X，您可以使用以下命令安装GSL：g++