q2oligo.py将QIIME文件转换为Oligotyping格式由James Meadow撰写 - 2014年9月15日。这个简单的python脚本按分类名称对QIIME格式的文件进行子集，生成的序列文件（单一分类单元fasta）可用于寡分型分析。

输入文件：

  • 由assign_taxonomy.py生成的tax_assignment.txt文件

  • otu_map.txt文件由QIIME OTU聚类产生，包含数字OTU ID，后跟以制表符分隔的序列ID。子集化过程仅保留匹配正确分类法的条目。

分类学名称：

可以是“Firmicutes”。如果使用微小的示例文件，建议使用它。

生成的文件将以此名称作为前缀。

用法：

python q2oligo.py tax_a