为获得制造系统初始化时的最小资源以实现最优资源分配，利用标注Petri网对系统进行建模，并研究标注Petri网的最小初始标识估计问题。给定一个标注Petri网，在不可观测变迁组成无环子网的情况下，基于动态规划提出一种新的最小初始标识估计算法。在观察到给定的标注序列后，放宽不可观测变迁发生个数的限制，并根据该算法构建节点的演化过程。当出现相同的发生数向量时，仅保留当前极小的初始标识估计，并通过节点的演化过程对极小初始标识估计的托肯总数进行对比。为验证算法的有效性，给出一个制造系统的标注Petri网模型实例，最终得到的最小初始标识为1000T，且对应的变迁发生序列满足给定标注Petri网的结构要求。实验结果表明，与传统基于动态规划的算法相比，该算法获得的最小初始标识估计具有更小的托肯总数。