年终奖个税专项附加扣除按照个人所得税法的相关规定进行。对于年终奖的个税扣除，首先需要了解的是年终奖可以与工资合并计算，按月度综合所得进行税率计算。此外，年终奖部分可以享受专项附加扣除，如子女教育、继续教育、大病医疗等，这些都能有效减少应纳税所得额，降低个税负担。

计算年终奖时，专项附加扣除额与其他所得的专项附加扣除结合计算，可能会影响年终奖实际扣税金额。每项扣除需要提供有效的凭证，如教育、医疗相关费用的发票，确保扣除符合税务部门的相关规定。在实际操作时，纳税人应确保相关扣除事项已及时申报，避免扣除项遗漏或不符合条件，影响最终扣税结果。

需要特别注意的是，年终奖和工资收入在合并申报时，扣除项也应按照月度的实际支出进行调整。如果年终奖单独发放，则只需要按年终奖进行扣税，并不与月度工资合并。结合个人具体情况，合理利用各项扣除，能够有效优化税负，减少税务支出。