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引物设计是PCR技术中至关重要的一环。在PCR扩增以前,一般模板序列已被全部或部分确定。要想扩增出理想的目的片断,一般都得通过正确设计PCR引物。也有的人不经过设计直接取模板序列的两个片断作为引物,这样很可能导致实验失败,如扩增出多条带(引发错配所致),不出目的带或出目的带很弱(引物引发效率低下),

因为密码子的关系,不同的核酸序列可能表达的氨基酸序列是相同的,所以氨基酸序列才是真正保守的。首先利用NCBI的Entrez检索系统,查找到一条相关序列即可。随后利用这一序列使用BLASTp(通过蛋白查蛋白),在整个Nr数据库中中查找与之相似的氨基酸序列。