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本文在分析介绍儿种相关动态规划算法的基础上,提出了一种基于动态规划的 快速序列比对算法UKKYA。

序列的多重比对是生物序列分析研究中的一个重要方法。文章首先介绍了HMM的基本结构，然后着重讨论了HMM在DNA序列之间的多重比对中的应用。

探讨了多重序列比对和序列谱隐马尔可夫模型，讨论了隐马尔可夫模型的基本算法以及如何建立 HMMs。根据E 值和训练分数进行蛋白质家族的识别和分类。