simplebelief

计算核酸backbone的RMSF

计算核酸backbone的RMSF的TCL脚本 一般在VMD中使用 一般在蛋白中我们选取Ca,RNA中我们选取C5‘

计算核酸backbone的RMSD

计算核酸backbone的RMSD的TCL脚本一般在VMD中使用TheproteinbackboneisdefinedasC,N,andOatomscomposedoftheamidebonds,andtheRNAbackboneisdefinedasC,O,andPatomscomposedofs

计算蛋白Ca的RMSF

计算蛋白backbone的RMSF的TCL脚本一般在VMD中使用一般在蛋白中我们选取Ca，RNA中我们选取C5‘

tutorial of carma

carmaisamoleculardynamicsanalysisprogram这是carma的教程，很详细。

GROMACSwindows双精度5.11版

GROMACSwindows双精度5.11版在cmd下使用，非常方便，适合做能量优化和其他一些小计算量工作MD最好还是在服务器上运行

计算蛋白backbone的RMSD

计算蛋白backbone的RMSD的TCL脚本 一般在VMD中使用 The protein backbone is defined as C, N, and O atoms composed of the amide bonds, and the RNA backbone is defined as