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CLUSTALX－是CLUSTAL多重序列比对程序的Windows版本。CClustalX为进行多重序列和轮廓比对和分析结果提供一个整体的环境。序列将显示屏幕的窗口中。采用多色彩的模式可以在比对中加亮保守区的特征。窗口上面的下拉菜单可让你选择传统多重比对和轮廓比对需要的所有选项

DNAman，是美国LynnonBiosoft公司开发的高度集成化的分子生物学应用软件。几乎可完成所有日常核酸和蛋白质序列分析工作，包括多重序列比对、PCR引物设计、限制性酶切分析、蛋白质分析、质粒绘图等。

MEGA的全称是MolecularEvolutionaryGeneticsAnalysis分子进化遗传分析。MEGAisanintegratedtoolforautomaticandmanualsequencealignment,inferringphylogenetictrees,miningwe