本发明公开了一种智能卡一卡一密方法和系统，其方法包括如下步骤：将智能卡系统操作密码与智能卡序列号混合加密后形成智能卡访问密码，存储于智能卡内；当对智能卡进行访问时，必须先输入访问密码，智能卡核对访问密码是否正确，如是，可以访问，如否，拒绝访问。其系统包括智能卡，密码输入装置，管理卡，加密装置一和机具。本发明因为采用了上述技术方案，使得对每一张智能卡都可以提供一个唯一密码，不仅保证不同客户的智能卡和智能卡读写机具相互不可串用，即使某张智能卡或某台智能卡读写机具的访问密码被意外泄露或被恶意破译，仍然无法知道其它智能卡的访问密码，也避免了内部人员作弊。