为了验证最优子种群遗传算法在解决柔性流水车间调度问题时相比于传统遗传算法的优越性，分析了柔性流水车间调度问题的特点，并运用一种新的编码方法和新的遗传算法求解了该问题。考虑到最优个体保护策略法对复杂问题容易使种群收敛陷入局部最优解，为了提高精度、加快较优个体的产生并避免陷入局部最优解，首先提出了一种合理、全面的编码方法，并运用最优子种群遗传算法来求解柔性流水车间调度问题。最后运用实例验证了最优子种群遗传算法的有效性、优越性和编码方式的合理性。