提出了一种新的方法来衡量基因之间的语义相似度。本方法的主要原则是同时依赖于GO拓扑结构图中基因注释项之间的路径长度和基因注释项的公共祖先节点在GO拓扑结构图中的深度。用人工数据和取自酵母基因数据库的基因数据进行了实验，结果表明本方法比传统方法更有效。